Vattenkvaliteten i Tyresåns utlopp har följts upp av Länsstyrelsen sedan år 1998. Mätningarna visar att halterna av kväve och fosfor har minskat med hälften sedan starten men att minskningen nu avstannat. Vattnet har blivit mindre grumligt men halten organiskt kol har ökat.

Jämfört med många andra avrinningsområden i länet bidrar Tyresån med relativt små mängder näringsämnen till Östersjön. Trots att näringsbelastningen inom systemet är stor, gör mängden sjöar att mycket av näringen stannar längs vägen ut mot Kalvfjärden och Östersjön.